Franz Schaffner ist in Locarno geboren und in Luzern aufgewachsen. Nach der Matura studierte er Dirigieren, Orgel und Klavier am Konservatorium und an der Akademie für Schul- und Kirchenmusik in Luzern. Anschliessend führten ihn weitere Studien nach Zürich, Basel und Frankfurt, wo er die Konzertausbildung für Dirigieren bei Helmuth Rilling abschloss. Verschiedene Tätigkeiten verbanden ihn als Kirchenmusiker mit Winterthur und Ebikon. Von 1984-88 war er als Korrepetitor und Dirigent am Luzerner Theater tätig. Er ist heute Leiter des BACH ENSEMBLE LUZERN. 1988-2014 leitete er das Blasorchester Stadtmusik Luzern. Seit dieser Zeit unterrichtet er auch Dirigieren an der Hochschule Luzern – Musik. Er ist Organist an der Franziskanerkirche Luzern und entfaltet eine rege Konzerttätigkeit als Dirigent, Organist und Cembalist. CD-Veröffentlichungen u. a. mit Bachs Flötensonaten und den Goldbergvariationen. Als Organist trat er an Festivals auf mit Claudio Abbado, Charles Dutoit, Ingo Metzmacher, Franz Welser-Möst und Riccardo Chailly, mit den Orchestern NHK Tokyo, Cleveland Orchestra, Royal Philharmonic Orchestra London, Lucerne Festival Orchestra. 2014 wurde er mit dem ausserordentlichen Edwin Fischer-Gedenkpreis für sein umfassendes Schaffen geehrt.